Unter Hygieneaspekten müssen die Schneidewerkzeuge und Bretter regelmäßig gründlich gereinigt und anschließend getrocknet werden.
Bei Messern, mit denen verschiedene Weichkäse geschnitten werden, ist unbedingt darauf zu achten, für Weiß-, Blau- oder Rotschimmelkäse jeweils ein eigenes Messer zu verwenden. Dies ist deshalb notwendig, damit keine fremden Schimmelkulturen den Käse beeinträchtigen können.
Es bietet sich daher an, Messer mit verschieden farbigen Griffen einzusetzen. So wird die Gefahr der Verwechslung minimiert.
Die Griffe der Käsemesser sollten aus Kunststoff oder Stahl sein, da sich diese Materialien besser reinigen lassen als Holz.